Forskere oppdager nesten 2000 nye tarmbakterier
Ifølge en rekke nylige studier er menneskelige tarmbakteriepopulasjoner i stand til å påvirke ulike aspekter av vår fysiske og mentale helse. Til tross for dette forblir mange bakterier “kartlagt” av forskere. En ny studie har nå avdekket cirka 2000 tidligere ukjente tarmbakterier.
Nyere studier dekket av Medisinske nyheter i dag har vist at tarmmikrobiotaen kan ha en rolle i Parkinsons sykdom og demens, og de kan forklare hvorfor type 2-diabetesmedisiner fungerer bra for noen, men ikke for andre.
Ny forskning - dukket opp i går i tidsskriftet Natur - har nå identifisert nesten 2000 nye tarmbakterielle arter som forskere aldri har dyrket i et laboratorium før.
Teamet av etterforskere fra European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) og Wellcome Sanger Institute, begge i Hinxton, Storbritannia, brukte beregningsanalyse for å vurdere tarmmikrobiomprøver fra deltakere over hele verden.
"Beregningsmetoder lar oss forstå bakterier som vi ennå ikke kan dyrke i laboratoriet," forklarer studieforfatter Rob Finn, fra EMBL-EMI.
“Å bruke metagenomics [analysen av genetisk materiale] til å rekonstruere bakterielle genomer er litt som å rekonstruere hundrevis av gåter etter å ha blandet alle brikkene sammen, uten å vite hvordan det endelige bildet er ment å se ut, og etter å ha fjernet noen få brikker helt fra bland bare for å gjøre det litt vanskeligere, ”fortsetter han.
Finn fortsetter imidlertid med å merke seg: "Forskere er nå på et stadium der de kan bruke en rekke beregningsverktøy for å utfylle og noen ganger veilede laboratoriearbeid, for å avdekke ny innsikt i menneskets tarm."
En ny tilnærming
Teamet var i stand til å rekonstruere 92.143 genomer ut av prøver fra 11.850 forskjellige tarmmikrobiota.
Dette tillot forskerne å identifisere 1952 arter av tarmbakterier som de og andre ikke hadde kjent til før dette punktet.
Finn og kollegaer forklarer at mange bakteriearter har ”holdt en lav profil”, for å si det sånn, fordi forskere bare har funnet dem i svært lave tall i tarmen, eller de kan ikke overleve utenfor tarmmiljøet.
Dette, bemerker de, har hittil forhindret forskere i å legge slike arter til listen over tarmbakterier de vet om. Denne årsaken er også grunnen til at teamet som gjennomførte den nåværende studien bestemte seg for å ta en ny rute - og bruke en kombinasjon av beregningsmetoder for å prøve å komme opp med et mer omfattende “kart” av den menneskelige mikrobiota.
"Beregningsmetoder lar oss få en ide om de mange bakterieartene som lever i menneskets tarm, hvordan de utviklet seg, og hva slags roller de kan spille innenfor deres mikrobielle samfunn," sier studieforfatter Alexandre Almeida.
Mot å skape 'en solid tegning'
"I denne studien, forklarte Almeida," utnyttet vi de mest omfattende offentlige databasene med gastrointestinale bakterier for å identifisere bakteriearter som ikke har blitt sett før. Analysemetodene vi brukte er svært reproduserbare og kan brukes på større, mer varierte datasett i fremtiden, noe som muliggjør videre oppdagelse. ”
I fremtiden håper forskerne at denne og lignende studier vil ytterligere hjelpe dem med å forstå menneskets tarm, noe som igjen vil bidra til å utvikle bedre behandlinger av en rekke forhold.
"Forskning som dette hjelper oss med å lage en såkalt tegning av menneskets tarm, som i fremtiden kan hjelpe oss med å forstå menneskers helse og sykdom bedre og til og med kunne veilede diagnose og behandling av gastrointestinale sykdommer."
Studer medforfatter Trevor Lawley, fra Wellcome Sanger Institute
Samtidig bemerker teamet at den foreliggende studien har gjort forskerne mer bevisste på et stort gap i forskning rundt tarmbakterier.
Forskere vet foreløpig relativt lite om bakteriearter som er karakteristiske for andre populasjoner enn de som bor i Europa og Nord-Amerika, understreker etterforskerne.
“Vi ser mange av de samme bakterieartene vokse opp i dataene fra europeiske og nordamerikanske populasjoner. Imidlertid viste de få søramerikanske og afrikanske datasettene vi hadde tilgang til for denne studien, betydelig mangfold som ikke var tilstede i de tidligere befolkningene, ”bemerker Finn.
"Dette antyder at det er viktig å samle inn data fra underrepresenterte populasjoner hvis vi ønsker å oppnå et virkelig omfattende bilde av sammensetningen av den menneskelige tarmen," legger han til og oppfordrer forskere til å fortsette å fokusere på mer varierte kohorter, fremover.
